第三阶段 桓温北伐（1 / 1）
东晋朝廷里，司马昱再也找不到制约桓温的办法，于是全力清谈，至于桓温，爱干嘛就干嘛去吧。此时淮河沿线，谢尚再次被征召至历阳（今安徽省马鞍山和县附近，用友情来防备姚襄。354年二月，桓温看到机会，率军北伐前秦。桓温统领步骑四万自江陵出发，水军自襄阳入均口（今湖北省十堰丹江口市附近，抵达南乡（今河南省南阳淅川县西南附近，然后通过陆路直趋武关（今陕西省商洛丹凤县东南附近，同时命梁州刺史司马勋兵出子午道去讨伐前秦。
按照桓温的策略，肯定是想与灭成汉一样，与苻健在长安城外决战，之后苻健乖乖投降，然而苻健绝非等闲之辈。虽然苻健在关中立足未稳，桓温军能够较为顺利的抵达武关，但是在通往长安的路上，桓温遇到苻健的顽强抵抗。经过数次血战，桓温进入关中，与前秦太子苻苌、丞相苻雄、独眼苻生等率领的五万兵众在峣柳（今陕西省西安蓝田县附近交战。桓温亲自上阵，击败前秦的全明星军团，四月，桓温前进至灞上（今陕西省西安市东附近。苻苌等退守长安城南，苻健与六千老弱民众固守内城，让雷弱儿带领前秦最后的三万精兵与苻苌汇合，准备与桓温的决战。此时苻雄在子午谷击退司马勋，桓温夹击前秦的计划落空了。而关中一带遍布坞堡，苻健下令各个坞堡坚壁清野，桓温本想收割关中的麦子充作军粮，这个计划也落空了。
史书记载，桓温进驻关中时，附近郡县纷纷来降，桓温抚喻百姓，使其安居复业，关中百姓牵牛担酒沿路迎接，许多老人更是疼哭失声：“没想过今天还能再次见到官军！”多么美好的想象，在那个时候有心思投奔桓温的只有王猛，桓温还问王猛：我奉天子之命，统帅十万精兵为百姓消灭残存的贼寇，然而三秦的豪杰之士至今没有人前来归附，这是为何？关中士族没人加入桓温阵营，老实听苻健的话，在坞堡里呆着，更不要说百姓去迎接了！王猛也看穿桓温的心思，最终选择与苻坚一起开创霸业。
桓温最后与苻雄在白鹿原进行决战，无心恋战的桓温吃了带兵以来的第一次败仗，损失一万多兵众。桓温迁关中三千户民众渡江，边战边退，撤退中屡遭败绩，又损失掉万余人。九月，桓温撤军至襄阳，朝廷派人前去慰劳。早先桓温灭成汉，直取成都，但最终平叛却花了六年的时间。在关中虽然前期进军较为顺利，但桓温深知苻家全明星兵团的厉害以及关中百姓人心所向，这个地方东晋是收不回来了。
姚襄被殷浩逼反后，占据淮河一带，驻扎在盱眙（今江苏省淮安盱眙县附近，依靠“名士”的牌面，招募流民，部众达到七万人，对东晋朝廷产生一定的震慑作用。但是姚襄“名士”的水平，似乎只能对付得了殷浩之类的人。由于姚襄以及其部众仍有占据关中的心思，所以并没有南取东晋，而是向北先攻取之前谢尚派人驻守的许昌，然后向洛阳进军。东晋让谢尚驻守寿春，继续指望用友情防守姚襄，固守江东基本盘。
此时的驻守的洛阳将领叫周成，原本是冉闵的一个部将，冉闵被前燕击败后，周成便派人归顺了东晋朝廷，东晋在中原类似洛阳这样的飞地有很多，仅是名义上的加盟。桓温找到借口，上书朝廷说自己要解救洛阳，顺便去打扫西晋皇帝的陵墓，祭奠先皇帝，收拾干净后让朝廷还于旧都。桓温迁都的提议被朝廷果断拒绝，这次的结果是任命桓温为征讨大都督，都督司、冀二州诸军事，负责征讨事宜。
公元356年七月，桓温自江陵出兵再次北伐，这次的目标是姚襄。桓温派遣将领把守黄河、淮河之间的各个水路要塞，确保粮草供应。八月，桓温兵至伊水（在今河南省洛阳城南附近。姚襄仍在围攻洛阳，听到桓温来攻，赶紧撤下包围，打算用攻击殷浩的办法再次伏击桓温。桓温绝非殷浩之流的水平，没有上当，姚襄只要硬着头皮在伊水布阵与桓温决战。桓温亲自披甲上阵，姚襄“名士”水准尽显，部众被击溃，姚襄向西逃走，桓温没有追上。
周成打开城门，正式向桓温投降。桓温收复洛阳，进入金墉城，拜谒晋室皇陵，并设置陵使修复皇陵。不久，桓温班师南回，如同关中的做法，将三千多户归降百姓南迁至长江、汉水一带。桓温仍打算走灭蜀的老路，打完就走，随后的事慢慢再说。
桓温本打算让豫州刺史谢尚，名正言顺的驻守洛阳，无奈谢尚还没赴任便病逝，于是桓温派自己的司马、谢尚的堂弟谢奕接替。谢奕命不好，仅干了一年便病逝，其弟谢万接任。另一边荀羡患病，郗鉴之子郗昙接任其职，任北中郎将、都督徐兖青幽扬州之晋陵诸军事、领徐、兖二州刺史，假节，镇下邳。谢万、郗昙准备接手桓温留下的烂摊子，向正处全盛期的前燕发起挑战。公元359年，朝廷命令豫州刺史谢万攻下蔡（今安徽省淮南凤台县附近，郗昙攻高平（山东省济宁微山县西北附近，向前燕进攻。谢万不比他的哥哥们，自幼受到“名士”环境的影响，满脑子里想的都是怎么长啸，打仗之类的完全是个外行。谢万甚至能对着手下将领说他们是“劲卒”，这在东晋是对人相当严重的侮辱。身处“名士”圈的人们身体都不是很好，恰巧郗昙这个时候生病了，便带军退守彭城（今江苏省徐州市附近。当谢万听到这个消息，却以为这是因为前燕军队强盛的反应，所以赶紧退兵。没进行一场战斗，谢万的军队自行溃败，互相踩踏甚至互相攻击，损失惨重，东晋再次将淮河以北的土地丢失。
桓温返回荆州后，先后命部将剿平蛮贼文卢、妖贼李弘，将首级传送建康（今江苏南京。但与此同时，收复的司隶、豫州、青州、兖州等地再次失陷。
公元362年，前燕进攻洛阳。东晋守将弃城而逃，留下冠军将军陈祐带领不到两千人守卫洛阳，陈祐派人向朝廷求救。五月，桓温派三千人协助守城，再次上表要求迁都洛阳，并建议将永嘉之乱后流亡江南者全部北徙，以充实中原之地，皆被朝廷驳回。从关中回来后，直到这个时间点，桓温的心态产生很大的变化，克服中原是根本无望了，既然如此不如自立，或许此时的桓温已经有了这个想法。
朝廷当然直到桓温只是虚晃一枪，真要迁都徙民，桓温干嘛要让洛阳成为飞地，干嘛要迁关中、河南一带民众渡江。公元363年，朝廷加授桓温为侍中、大司马、都督中外诸军事、假黄钺，赐其羽葆鼓吹一部。第二年五月，朝廷再次进封桓温为扬州牧、录尚书事，召其入朝参政。桓温以中原尚未恢复为由，除了扬州牧，其他官职全部拒绝。
公元365年初，桓温任命弟弟桓豁、桓冲分别担任荆州、江州刺史，自己移驻姑孰（今安徽省马鞍山当涂县附近。同年，前燕慕容恪率兵再次攻打洛阳，这次桓温也放弃了，朝廷之派遣沈充之子沈劲，自行招募千余兵士前往救援，陈祐见状谎称救援许昌而出逃，留下五百士兵让沈劲留守。面对前燕战神慕容恪，洛阳城被攻破，沈劲被斩，但其为家族获得政治名分，而东晋在淮河以北再无飞地。
同年六月，益州刺史周抚去世，不就梁州刺史司马勋反叛，自立成都王。对于司马勋，虽然配合桓温多次立下战功，但这位来路不明的“宗室”，朝廷对他还是有防范的，仅仅是在偏远的梁州驻防。司马勋本是前赵刘曜的部将武卫将军令狐泥的养子，后来投奔东晋，自称是司马懿之弟司马恂的玄孙，冠军将军、济南惠王司马遂的曾孙。然而司马遂这一脉人数太少，司马家自己也考证不出，但既然肯归附，便随便安排了一个职务。做为宗室没被封王，司马勋干脆自己给自己封了一个，但仅一年的时间，司马勋的叛乱便被桓温平息。
公元369年三月，桓温计划北伐，请求与徐兖二州刺史郗愔、江州刺史桓冲、豫州刺史袁真一共进兵。长江沿线的江州、荆州直至益州、梁州都是桓温自家兵，仅剩郗愔不是自己亲信。郗愔系郗鉴长子，这个时候仍不识时务，致信桓温，表示愿意与他共同辅佐王室，请求率部渡过黄河北上。郗愔之子郗超为桓温参军，暗中将原信毁掉，并以父亲的名义伪造信件，自称老病，请以闲职休养。桓温便顺势改任郗愔为会稽内史，自领徐兖二州刺史，兼并了郗愔的军队。自此北府、西府皆归桓温，前燕战神慕容恪又于前一年病逝，前秦正在经历“五公之乱”。天赐良机，桓温想再进一步，只需要一点点的战功，似乎只要去北面溜达一圈就能实现。